澧縣城頭山古文化遺址管理處（澧縣城頭山古文化遺址博物館）于2002年7月成立，是負責城頭山古文化遺址保護和管理的專門工作部門。主要按照國家《文物保護法》等相關法律法規(guī)，對城頭山古文化遺址進行保護、管理。管理處與博物館兩塊牌子一套人馬。現(xiàn)屬國家Ⅰ類事業(yè)單位，2017年經批準，更名為“澧縣城頭山國家考古遺址公園管理處暨城頭山古文化遺址博物館”，機構升格為副處級。
    為進一步促進城頭山遺址的保護利用工作，搭建籌融資平臺，縣委、縣政府于2012年4月正式注冊成立了國有獨資的湖南城頭山建設開發(fā)有限公司，注冊資本貳仟萬元。公司正式運行后，將為城頭山遺址保護利用提供一定的資金和技術支持。