此時(shí)已逐漸廢棄，而疊壓成坡最底一層堆積為屈家?guī)X文化中期，有屈家?guī)X文化中期的墓葬打破內(nèi)坡，其時(shí)代屬于屈家?guī)X文化中期。
    這次重新發(fā)掘東城墻探溝時(shí)，印證西南城墻轉(zhuǎn)角四次筑城的地層關(guān)系，發(fā)現(xiàn)大溪早期與壕溝同時(shí)的城墻，同時(shí)發(fā)現(xiàn)其上與西南轉(zhuǎn)角探溝每次筑城相對(duì)應(yīng)的夯土層和夯土層之間的文化層；屬于湯家崗文化時(shí)期的水稻田遺跡。
    1997年冬，進(jìn)行第七次考古發(fā)掘。經(jīng)過發(fā)掘，城頭山已為世人所知，各種傳媒向國(guó)內(nèi)外進(jìn)行宣傳報(bào)導(dǎo)。1996年國(guó)務(wù)院將其列為全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位，作為史前時(shí)期文化大遺址。1996年，對(duì)城頭山發(fā)掘資料的整理、研究也已列為國(guó)家哲學(xué)社會(huì)科學(xué)“九五”規(guī)劃重點(diǎn)課題。
    1998年冬，進(jìn)行第八次發(fā)掘。此次發(fā)掘主要揭露祭壇，并對(duì)南城墻所壓溪文化壕溝進(jìn)行擴(kuò)大發(fā)掘；同時(shí)在東城門亦進(jìn)行發(fā)掘，發(fā)現(xiàn)建城之前湯家崗文化時(shí)期的聚落遺存。
    1999年冬，進(jìn)行第九次發(fā)掘，此次重點(diǎn)對(duì)城南部位發(fā)掘。發(fā)現(xiàn)第一、二期城通往城外的通道，同時(shí)發(fā)現(xiàn)大溪文化一期早段（建筑前）的稻田遺跡。
2000年冬，進(jìn)行第十次發(fā)掘。此次對(duì)城西北部發(fā)掘。發(fā)現(xiàn)大溪文化時(shí)期所筑一、二期城墻的環(huán)壕。
    2001年，進(jìn)行第十一次發(fā)掘，重點(diǎn)對(duì)2000年的考古發(fā)現(xiàn)作補(bǔ)充發(fā)掘，證明大溪文化時(shí)期城北垣在屈家?guī)X文化時(shí)期的城北垣之南約30米，表明幾個(gè)時(shí)期的城垣并非完全重合。同時(shí)，對(duì)中心偏西南方位原揭露出屈家?guī)X文化早期有夯土臺(tái)基的大型房址周圍擴(kuò)大發(fā)掘，在這2所房址的西邊，又發(fā)現(xiàn)1座有廊檐結(jié)構(gòu)、近百平方米的不同間大分間大型廳堂或廟式建筑。在東門內(nèi)1998年發(fā)掘區(qū)之西，新開探方500余平方米，發(fā)掘近百個(gè)祭祀坑。
    除遺址現(xiàn)場(chǎng)之外，歷年發(fā)掘成果還包括各種陶器、玉器、竹編和葦編織物、動(dòng)植物骨骸和籽實(shí)、舟船部件和其它木構(gòu)等3—4000多件可移動(dòng)文物。現(xiàn)分別收藏于省博、省考古所及考古工作站等處。